Gia đình Ypsilantis bắt nguồn từ các cư dân Pontian thuộc Trabzon. Ông sinh ra vào ngày 12 tháng 12, 1792 tại Constantinopolis, kinh đô của Đế quốc Ottoman, là anh cả trong gia đình ba anh em (hai người còn lại là Nicholas và Demetrios).[1] Cha ông là Constantine Ypsilantis và ông nội là Alexander đều đóng vai trò tích cực trong bộ máy chính quyền của Đế quốc Ottoman và được giáo dục tốt, mỗi người đều làm công việc thông ngôn tại cung đình của Sultan và lãnh chúa của các công quốc vùng Danube.